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脚本提交Gamess 作业
我在mac os x 10.8.4上运行gamess, VERNO=May12013R1。
如果在命令行输入gms 文件名，没有任何问题。现在我想把它写到脚本文件中，如下：
#!/bin/csh
set base=`pwd`
set suffix=_1
set ibase=`echo $1 | sed 's/\.*$//'`
set kbase=`echo $ibase | sed 's/\_/ /' | sed 's/\-/ /' | sed 's/\+/ ,/'`
if ( -w $ibase.out && $?suffix ) then
&&if ( -w $ibase.out$suffix ) then
& & cat $ibase.out && $ibase.out$suffix
& & rm -f $ibase.out
& & mv $ibase.out $ibase.out$suffix
set title=j$kbase
set input=$1
set cpuct=1
if ( $#argv == 2 ) then
set cpuct = `echo $argv`
cat & pbs.$$ &&EOF
### I want 1 node(s) with $cpuct cpu(s) each
#PBS -l nodes=1:ppn=$cpuct
#PBS -N $title
#PBS -S /bin/csh
#PBS -q default
set np=\`cat \$PBS_NODEFILE | wc -l\`
cat \$PBS_NODEFILE
/Users/qinglu/Documents/gamess/gms $input&&
qsub pbs.$$
## clean-up
可以正常提交，但是无法正确生成/scratch/$PBS_JOBID文件夹。得到以下错误信息：
df: /scratch/3265: No such file or directory
GAMESS temporary binary files will be written to /scratch/3265.
GAMESS supplementary output files will be written to ./
Copying input file exam01.inp to your run's scratch directory...
cp exam01.inp /scratch/3265
请问哪里出问题了？
脚本就在一楼啊。
严重赞同啊！
仔细看 gamess 的 rungms 脚本，就知道那个就是给他们自己组里写的，那些似乎都是他们自己组里的机器……
其实你也不必删，只要设一下最基本的几次变量就好了……
诚然！打开一看发现那么多的if，本以为是来自作者的贴心的小棉袄，谁知道竟然都是黑心棉。
话说我的并行设置还是有点问题，虽说用gamessq可以解决并行问题，但是如果用pbs提交，还是会发现这样的错误：
ddikick error: inconsistent hostlist arguments. hostname:cpus=X was detected with X & 1
不知道该怎么解决。
不赞成你那个评论……
我没有用过 pbs，所以不清楚你的问题是什么。我也没有用过 gamessq，不知道它是个啥
我知道给 rungms 一个合适的参数，它可以并行的。只是 gamess 的并行不适用于所有的计算……
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扫描下载送金币[转载]Gaussian计算出错和对应的解决方法
“G98的出错讯息都在用户手册中的‘Gaussian
98的链接’一节中就给出了，常见错误有：
1。输入有误，这没话说了。一般都是L1，L101出错
2。基组有误。特别是刚开始用自定义基组的，或者不知道基组适合范围的，这是L301出错
3。无法收敛、优化和频率计算出错，这就很多了，比如L502，L716，L9999。这就只好具体问题具体分析了。
也就是说，当计算非正常退出时，首先查看文件结束处的说明，比如类似的句子：
Error termination via Lnk1e in /para/soft/g03/l502.exe at Mon Mar
29 16:31:18 2004.
这说明是L502错误，可以在g98
help中的Links，具体看看L502是干吗的，对错误有个初步了解，再查找相应的关键字
我在用OPT的一个参数STEPSIZE的时候，从来没有成功过，不知道是为什么？
# UHF/6-31 OPT(Stepsize=30)
---------------------------
QPERR --- A SYNTAX ERROR WAS DETECTED IN THE INPUT LINE.
# UHF/6-31 OPT(STEPSIZE=30) & &
Last state="OPT2"
TCursr= 9023 LCursr= &15
Error termination via Lnk1e in D:G98Wl1.exe.
Job cpu time: &0 days &0 hours
&0 minutes &0.0 seconds.
File lengths (MBytes): &RWF= &
&6 Int= & &0
D2E= & &0 Chk= &
STEPSIZE=30 是g98的一个bug。可以用
iop(1/8=30)来实现。
出错信息：
输入： B3LYP/gen( SDD for U and 6-311+G(3df) for O )
&opt 输出：
The electronic state of the initial guess is 3-SGG.
of initial guess= 2.0000
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-04 within 200
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-02.
Requested convergence on & &
& energy=1.00D-02.
No special actions if energy rises.
Defaulting to unpruned grid for atomic number
Spurious integrated density or basis function:
NE= & 48 NElCor= &
&0 El error=2.25D-04 rel=4.68D-06
Tolerance=1.00D-03
Shell & &25 &
& absolute error=1.91D-02 &
&Tolerance=1.20D-02
Shell & &12 &
& & signed error=9.34D-05
&Tolerance=1.00D-01
Inaccurate quadrature in CalDSu.
Error termination via Lnk1e in /para/soft/g03/l502.exe at Mon Mar
29 16:31:18 2004.
Job cpu time: &0 days &0 hours
&1 minutes &6.2 seconds.
File lengths (MBytes): &RWF= &
& 24 Int= & &
&0 D2E= & &
&0 Chk= & &
&1 Scr= & &
猜想是增加积分网格。
Problem detected with inexpensive integrals.
Switching to full accuracy and repeating last cycle.
Cycle & 2 &Pass 1
Warning! &Spurious integrated density:
NE= &188 NElCor= &
&0 Integral= &-76.06821
Tolerance=1.00D-03
Consistency failure #2 in CalDSu.
Error termination via Lnk1e in /home/gaussian/g98/l502.exe.
Job cpu time: &1 days &3 hours 21
minutes 30.2 seconds.
File lengths (MBytes): &RWF= &118
Int= & &0 D2E= &
&0 Chk= & 17 Scr=
& &1 解决：(from ccl)
As far as I know it's a dft-related error. Gaussian checks the
resulting from the integration of the density to the number of
electrons,
and in case of a large difference prints this eror message. Try a
grid with the "integral" keyword.
L9999错误，实际上是在规定的步数内没有完成优化，即还没有找到极小值点。（或者对于过渡态优化，还没有找到过渡态）
这有几种可能性：
1。看一下能量的收敛的情况，可能正在单调减小，眼看有收敛的趋势，这样的情况下，只要加大循环的步数（opt(maxcycle=200)），可能就可以解决问题了。
2。加大循环步数还不能解决的（循环步数有人说超过200再不收敛，再加也不会有用了，这虽然不一定绝对正确，但200步应该也差不多了），有两种可能。一是查看能量，发现能量在振荡了，且变化已经很小了，这时可能重新算一下，或者构型稍微变一下，继续优化，就可以得到收敛的结果（当然也有麻烦的，看运气和经验了）；二是构型变化太大，和你预计的差别过大，这很可能是你的初始构型太差了，优化不知道到哪里去了，这时最好检查一下初始构型，再从头优化。
一个建议是，对于大体系，难收敛体系，先用小基组，低精度算法优化一下，以得到较高的初始构型，再用高精度的计算接着算。如果前面的方法保留了chk文件，重新计算时需要使用
geom=allcheck 读入构型（就不必麻烦地写构型了），
guess=read（读入初始波函数，可以加快第一步SCF收敛）。
以上网友发言只代表其个人观点，不代表新浪网的观点或立场。从Gaussian 09的Hartree-Fock计算的fchk文件转换到Columbus的mocoef文件的脚本
从Gaussian 09的Hartree-Fock计算的fchk文件转换到Columbus的mocoef文件的脚本
[摘要：那个剧本用于将Gaussian 09的Hartree-Fock盘算的.fchk文件转换到Columbus硬件应用的mocoef文件。 须要解释的是，测试事情借没有美满，没有包管此剧本的精确性。 注重：两个硬件所应用的基组和]
这个脚本用于将Gaussian 09的Hartree-Fock计算的.fchk文件转换到Columbus软件使用的mocoef文件。
需要说明的是，测试工作还不完善，不保证此脚本的正确性。
注意：两个软件所使用的基组以及对称性等等必须完全一致！
#! /usr/bin/perl
# code by luozhen
# ATTENTION: MAKE SURE that the SAME BASIS SET has been used in the two softwares.
# results saved in the file &mocoef& # you MUST have the access to write in the work directory. open (Columbus, &&mocoef&) or die &Can not create file &mocoef&!&;
# read input data # use command as &./hfg09tocol.pl inputfile& in bash shell. while (&&) {
push @lines, $_; }
# check necessary info while ($id & @lines) {
if ($lines[$id] =~ m/Number of electrons.*([0-9][0-9]+)/) {
$count_electrons = $1;
} elsif ($lines[$id] =~ m/basis functions.*([0-9][0-9]+)/) {
$count_basis_func = $1;
} elsif ($lines[$id] =~ m/independent functions.*([0-9][0-9]+)/) {
$count_indp_func = $1;
} elsif ($lines[$id] =~ m/Alpha Orbital Energies/) {
$id_start_energy = $id + 1;
} elsif ($lines[$id] =~ m/Alpha MO coefficients/) {
$id_start_mocoef = $id + 1;
$id_end_energy = $id - 1;
} elsif ($lines[$id] =~ m/Total SCF Density/) {
$id_end_mocoef = $id - 1;
# read orbital energies $lines_count_orbeng = $id_end_energy - $id_start_energy + 1; @data_orbeng = splice @lines, $id_start_energy, $lines_count_
# read MO coefficients $lines_count_mocoef = $id_end_mocoef - $id_start_mocoef + 1; $id_start_mocoef -= $lines_count_ @data_mocoef = splice @lines, $id_start_mocoef, $lines_count_
# necessary lines in the file &mocoef& print Columbus & 2mocoefnheadern& . &t& x 5 . & 2nHermit Integral Program : Gaussian 09 nmo coefficients generated by Gaussian 09n& . &t& x 5 . & 1n& . &t& x 5 . &$count_basis_func& . &t& x 5 . &$count_indp_funcn An&;
# MO coefficients, print print Columbus &mocoefn(1p4e16.8)n&; {
foreach (@data_mocoef) {
my @temp =
push @numbers, @
my $count = 0;
my $counts = @
while ($count & $counts) {
printf Columbus &%16s&, $numbers[$count];
if (($count + 1) % 4 == 0) {# 4 numbers per line
print Columbus &n&;
$count ++;
} elsif (($count + 1) % $count_basis_func == 0) {
print Columbus &n&;
splice @numbers, 0, $count_basis_
$counts = @
$count = 0;
$count ++;
# orbocc, calculate and print # there's no data about orbitals occupation in Gaussian's *.fchk file. # so I have to do some calculations myself, # and I can not ensure that the result of the following block is perfectly correct. print Columbus &orboccn(1p4e16.8)n&; {
my $count = 0;
my $count_double_occ = $count_electrons / 2;
if ($count_electrons % 2 == 0) {
while ($count & $count_basis_func) {
if ($count & $count_double_occ) {
push @numbers, &2.&;
push @numbers, &0.&;
$count ++;
while ($count & $count_basis_func) {
if ($count & $count_double_occ) {
push @numbers, &2.&;
} elsif ($count & $count_double_occ) {
push @numbers, &1.&;
push @numbers, &0.&;
$count ++;
my $count = 0;
my $counts = @
while ($count & $counts) {
printf Columbus &%16s&, $numbers[$count];
if (($count + 1) % 4 == 0) {# 4 numbers per line
print Columbus &n&;
$count ++;
print Columbus &n&; }
# energy, print print Columbus &energyn(1p4e16.8)n&; {
foreach (@data_orbeng) {
my @temp =
push @numbers, @
my $count = 0;
my $counts = @
while ($count & $counts) {
printf Columbus &%16s&, $numbers[$count];
if (($count + 1) % 4 == 0) {# 4 numbers per line
print Columbus &n&;
$count ++;
print Columbus &n&; }
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Hadoop是一个由Apache基金会所开发的分布式系统基础架构。
用户可以在不了解分布式底层细节的情况下，开发分布式程序。充分利用集群的威力进行高速运算和存储。
Hadoop实现了一个分布式文件系统（Hadoop Distributed File System），简称HDFS。HDFS有高容错性的特点，并且设计用来部署在低廉的（low-cost）硬件上；而且它提供高吞吐量（high throughput）来访问应用程序的数据，适合那些有着超大数据集（large data set）的应用程序。HDFS放宽了（relax）POSIX的要求，可以以流的形式访问（streaming access）文件系统中的数据。
Hadoop的框架最核心的设计就是：HDFS和MapReduce。HDFS为海量的数据提供了存储，则MapReduce为海量的数据提供了计算。
产品设计是互联网产品经理的核心能力，一个好的产品经理一定在产品设计方面有扎实的功底，本专题将从互联网产品设计的几个方面谈谈产品设计
随着国内互联网的发展，产品经理岗位需求大幅增加，在国内，从事产品工作的大部分岗位为产品经理，其实现实中，很多从事产品工作的岗位是不能称为产品经理，主要原因是对产品经理的职责不明确，那产品经理的职责有哪些，本专题将详细介绍产品经理的主要职责
IThao123周刊查看: 763|回复: 2
loadrunner录制c语言脚本，计算时间精确到毫秒，用time.h总是报错：__time64_t错误
该用户从未签到
loadrunner录制c语言脚本：
要求得到当前时间距离1970年一月一日，00:00:00时间的准确时间（精确到毫秒）
用到这几个头文件：
#include &_mingw.h&
#include &types.h&
#include &stddef.h&
#include &time.h&
#include &timeb.h&
包含这两个结构体：
struct timeb *struct1;（struct1-&millitm）
运行脚本总是报错： found `__time64_t' expecting `;'
& && && && && && && && && && & found `clock' expecting `;'
& && && && && && && && && && & 其他一堆错。。。
该用户从未签到
求助求助~~
该用户从未签到
已经解决了，直接用LR里的时间变量，设置变量的格式，0.000即可精确到毫秒。兜了一个大圈，用c语言的头文件，各种报错。原来有更简单的方法。
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PBS下同一用户同时使用不同版本的Gaussian的方便做法
针对集群上有多种不同版本的Gaussian软件，同一用户想同时使用多种版本做计算的做法，前段时间一直没有解决。当时的做法是让用户在自己的环境变量文件中只设置一种版本，如果想用另外一种版本，那么需要修改一下环境变量文件，然后重新开启shell。这种做法无疑比较繁琐，给用户带来了不便。另外的一个办法就是将不同版本的Gaussian环境变量写到不同的文件中去，想用哪个版本，需要重新开启新shell后，然后执行对应版本的环境文件。这个方法相对第一种方案较方便。
上面的环境设置，咱们不妨称为【针对用户】的。
自从使用PBS作为任务管理之后，感觉可以将Gaussian的环境设置变为【针对任务】的，而不是【针对用户】的。这样就可以用户不用对Gaussian设置环境变量，而是将环境变量的设置放到脚本中，之前也见过有人这么做过。举例如下：
Gaussian98的任务脚本：
############################
#PBS -N Gaussian
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=200:00:00
#PBS -q GAUSSIAN
#PBS -j oe
# Envrionment setting for Gaussian98
export g98root=/usr/local/software
PATH=$g98root/g98:$PATH
export PATH
source $g98root/g98/bsd/g98.profile
# End of envrionment setting for Gaussian98
mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID
cd /tmp/$PBS_JOBID
g98 mdbh-CN_SH.gjf
cp -r /tmp/$PBS_JOBID/*&&$PBS_O_WORKDIR
rm -rf /tmp/$PBS_JOBID
############################
Gaussian03的任务脚本：
############################
#PBS -N Gaussian
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=200:00:00
#PBS -q GAUSSIAN
#PBS -j oe
#Environment setting for Gaussian03
export g03root=/usr/local/software
PATH=$g03root/g03:$PATH
export PATH
source $g03root/g03/bsd/g03.profile
# End of environment setting for Gaussian03
mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID
cd /tmp/$PBS_JOBID
g03 mdbh-CN_SH.gjf
cp -r /tmp/$PBS_JOBID/*&&$PBS_O_WORKDIR
rm -rf /tmp/$PBS_JOBID
############################
Gaussian09的任务脚本：
############################
#PBS -N Gaussian
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=200:00:00
#PBS -q GAUSSIAN
#PBS -j oe
# Envrionment setting for Gaussian09
export g09root=/usr/local/software
PATH=$g09root/g09:$PATH
export PATH
source $g09root/g09/bsd/g09.profile
# End of envrionment setting for Gaussian09
mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID
cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID
cd /tmp/$PBS_JOBID
g09 mdbh-CN_SH.gjf
cp -r /tmp/$PBS_JOBID/*&&$PBS_O_WORKDIR
rm -rf /tmp/$PBS_JOBID
############################
也就是说脚本中包含了对应版本的Gaussian的环境设置，这个环境设置只对该任务有效。所以用户登录之后，可以在一个shell里面可以同时采用不通版本的Gaussian提交任务。任务之间互不干扰。
上述也许有经验的管理员熟知的方案，但是对于新手管理原来说应该会有帮助。
如果你的这个formchk或者unfchk也是在脚本中用的话，没问题的。如果你想在管理节点不通过脚本直接运行的话，写全命令的路径用就可以了。
试了一下，不错。
不过我按照上面写的脚本在我们学校的集群服务器上调试了下，发现03的总是莫名出错，没任何提示，而g09没问题。
有可能你的03的路径是不是和g09的不一样呢？对应着修改一下。我们这的都没有问题的。还有一个问题，出的错误是什么呢？
系统没有产生.e的错误文件，产生的.o的文件内容是空白的。
不过出错的log文件中，有这句
One-electron integrals computed using PRISM.
查下，可能是版本的问题
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