&&& 扩散与多种过程和材料性能相关，比如半导体器件的加工、结构材料的环境降解，腐蚀、聚合物的氧渗透等。MedeA-LAMMPS-Diffusion模块能够使用分子动力学技术自动计算指定物种的扩散性质，一目了然的呈现出体系中指定成分的扩散行为。
MedeA-LAMMPS-Diffusion的主要优势
计算指定原子的均方位移（MSD）
根据爱因斯坦扩散方程确定自扩散系数
评估计算结果的不确定性
通过log(MSD)-log(t)图显示并确认扩散动力学的存在
自动作图，分析计算结果
所需MedeA模块
Welcome MedeA Bundle
MedeA-Forcefield
MedeA-LAMMPS
支持MedeA模块
MedeA-Amorphous Materials Builder
MedeA-Thermoset Builder
MedeA-Polymer Builder
MedeA-Mechanical Properties（MT）
MedeA-LAMMPS-Thermal Conductivity
MedeA-LAMMPS-EAM
MedeA-LAMMPS-Viscosity
MedeA-LAMMPS-CED君，已阅读到文档的结尾了呢~~
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&&查看话题
用lammps做CH4的MSD均方位移过程中出现问题
in文件是这样的：
units & & & & real
boundary & & & & p p p
atom_style & & & & full
angle_style & & & & harmonic
bond_style & & & & harmonic
pair_style&&lj/cut 10.0
pair_modify mix arithmetic&&
read_data& & & & data.final_0.3
replicate& & 1 1 1
group& & & &&&A_C type 3
group& &CH4 type 1 2
timestep&&0.5
nghbor & & & & 2.0 bin
neigh_modify& &delay 5 every 1 check yes
velocity CH4 create 300.0 4928459
fix& &freeze A_C setforce 0.0 0.0 0.0
minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000
fix& & 1&&CH4 rigid single
fix& & 2&&CH4 nvt temp 300.0 300.0 0.01
compute methane_temp& &CH4 temp
thermo_style custom step temp pe etotal press vol c_methane_temp
thermo& & 1000
dump&&1 all custom 1000 dump.lammpstrj id type x y z
dump_modify 1 sort 1 first no
log & & & & & & & & log.lammps
run & & & & & & & & 1000000
fix& &3& &CH4 nve
fix& &4&&CH4 temp/rescale 100 1.0 1.1 0.02 0.5
dump&&2 all custom 10000 nve.lammpstrj id type xu yu zu
dump_modify 2 sort 1
dump 3 all xyz 10000 nve.xyz
dump_modify 3 sort 1
compute& & & & & & & & msd_CH4 CH4 msd com yes
fix& & & & & & & & 5 CH4 ave/time 1 1 10000 c_msd_CH4 file msd_CH4 start 1000000 mode vector
run & & & & & & & & 1000000
问题：导出来的文件出现了错误
dump.lammpstrj文件：
ITEM: TIMESTEP
ITEM: NUMBER OF ATOMS
ITEM: BOX BOUNDS pp pp pp
ITEM: ATOMS id type x y z
1 1 -nan -nan -nan
2 2 -nan -nan -nan
3 2 -nan -nan -nan
4 2 -nan -nan -nan
5 2 -nan -nan -nan
6 1 -nan -nan -nan
7 2 -nan -nan -nan
8 2 -nan -nan -nan
9 2 -nan -nan -nan
10 2 -nan -nan -nan
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13 2 -nan -nan -nan
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18 2 -nan -nan -nan
19 2 -nan -nan -nan
20 2 -nan -nan -nan
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22 2 -nan -nan -nan
23 2 -nan -nan -nan
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25 2 -nan -nan -nan
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29 2 -nan -nan -nan
30 2 -nan -nan -nan
31 1 -nan -nan -nan
32 2 -nan -nan -nan
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37 2 -nan -nan -nan
38 2 -nan -nan -nan
39 2 -nan -nan -nan
40 2 -nan -nan -nan
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42 2 -nan -nan -nan
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45 2 -nan -nan -nan
46 1 -nan -nan -nan
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49 2 -nan -nan -nan
50 2 -nan -nan -nan
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59 2 -nan -nan -nan
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64 2 -nan -nan -nan
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77 2 -nan -nan -nan
78 2 -nan -nan -nan
79 2 -nan -nan -nan
80 2 -nan -nan -nan
81 1 -nan -nan -nan
82 2 -nan -nan -nan
83 2 -nan -nan -nan
WARNING: One or more atoms are time integrated more than once (../modify.cpp:245)
WARNING: Inconsistent image flags (../domain.cpp:645)
Memory usage per processor = 6.25594 Mbytes
Step Temp PotEng TotEng Press Volume methane_
& && &32& &0.& & & &&&& & & & & &&&98.81782
& & 1000& && && &-nan& && && &-nan& && && &-nan& && && &-nan& & & && && &-nan
& & 2000& && && &-nan& && && &-nan& && && &-nan& && && &-nan& & & && && &-nan
& & 3000& && && &-nan& && && &-nan& && && &-nan& && && &-nan& & & && && &-nan
& & 4000& && && &-nan& && && &-nan& && && &-nan& && && &-nan& & & && && &-nan
& & 5000& && && &-nan& && && &-nan& && && &-nan& && && &-nan& & & && && &-nan
& & 6000& && && &-nan& && && &-nan& && && &-nan& && && &-nan& & & && && &-nan
& & 7000& && && &-nan& && && &-nan& && && &-nan& && && &-nan& & & && && &-nan
& & 8000& && && &-nan& && && &-nan& && && &-nan& && && &-nan& & & && && &-nan
展开阅读全文
学术科研必备，90%的研究生都在使用
关于用lammps做CH4的MSD均方位移过程中出现问题的相关话题在小木虫APP已经有9位虫友给出了详细回复。
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开始计算时好的，算着算着又出现问题了，还是同样的问题
1100 2 -nan -nan -nan
1101 1 -nan -nan -nan
1102 2 -nan -nan -nan
1103 2 -nan -nan -nan
1104 2 -nan -nan -nan
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我不是很清楚，可以尝试以下
1. 采用更小的timestep
2. 先把体系minimize之后再用nvt平衡
3. fix& & 1&&CH4 rigid single
fix& & 2&&CH4 nvt temp 300.0 300.0 0.01
这个用法按照lammps手册上的说法有点可疑，或许可以把fix rigid去掉后试试看，或者把这两个fix结合起来，直接用fix rigid/nvt.
4. 当你体系的温度变得无限大，可以把你lammpstrj 文件在VMD里显示出来，看是否有很奇怪的构型出现。
好的，我把fix rigid去掉之后可以计算了，我有个问题想问一下，利用lammps自身的msd语句compute&&msd_CH4 CH4 msd com yes计算出来的结果我该怎么处理才能得到扩散系数不过，想要得到更加专业的解答和帮助，我建议可以报名尝试下专业君论文的服务。他们的专家都是100%英语母语背景，常年从事专业期刊的审稿与编辑工作。对论文写作投稿很有帮助~
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lammps软件MD方法模拟乙烯分子在沸石中的扩散
各位前辈：
& && &我利用lammps软件运用MD方法模拟乙烯分子在沸石中的扩散。初始乙烯分子全部排布在沸石外部，乙烯分压恒定。
& && &现在遇到一个问题，就是随着扩散进行，原来在沸石外面的乙烯分子会扩散进入沸石内部，这样外部分子减少，分压降低；或者当分子再次从沸石中扩散出来，外部分压又会增加；所以为了保持外部乙烯分压恒定，需要根据乙烯分子进入沸石的情况动态添加删除外部的分子数，即，当一个乙烯分子进入沸石时，在沸石外部随机位置生成一个新的乙烯；反之，当一个乙烯从沸石中扩散出来时，沸石外部随机删除一个已存在的乙烯。
& && &需要的data文件， in都有，也已经实现了不能保证分压的扩散模拟，现在就想实现保持分压的扩散模拟。无从下手，不知道是应该修改in文件，还是需要在模拟计算中不断刷新data文件，因为毕竟只有data文件中有乙烯分子的坐标信息以及键长键角二面角等关系（感觉每步计算都刷新一遍data文件不靠谱。。。。计算量太大了吧）。
& && &问题陈述完啦，坐等前辈指导，10个金币只是抛砖引玉，引来相关领域前辈的关注，如果有人肯接，我必倾其所有，500金币全部奉上！！！
& &&&示意图见附件
沸石外乙烯的布置.png
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关于lammps软件MD方法模拟乙烯分子在沸石中的扩散的相关话题在小木虫APP已经有9位虫友给出了详细回复。
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一直在忙这个，未能及时回复，不好意思~
in文件见附件，期待你的帮忙~
最近一直在闷头找方法，没有及时回复，不好意思啦~
您说的方法我马上试试，如果可行就太谢谢啦，后期一定补加金币，如果还不行，估计还需要麻烦询问您;)
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