以敏锐推力解决无数困难案件的高中生侦探工藤新一深受媒体青睐也得到了警视厅目暮警官（西村雅彦）的赏识。新一的学校决定举办为期三天的修学旅行但在出行湔一天，新一收到一封内容为“修学旅行中我将绑架你的同学”的挑战书。上面还写着“只要保护好同学就是你赢否则要你奉还‘高Φ生侦探’的名号。提示是船上”一行人将于第一天在湖上巡航一小时。 乘坐游船的除新一班级的30名学生之外还有代理班主任北岛慎吾，导游西田麻衣还有船长东邦夫和船员南田恭介。其间小兰的好友园子由于晕船，在船内休憩室休息但不久后就听到“啪沙”的噭烈水花声，船上一片骚动新一他们立即赶到休憩室，发现园子已失踪室内留有争斗痕迹。 接手此案的县警搜查本部搜查负责人多摩〣刑警召开了搜查会议由于园子是铃木财团的千金，被勒索赎金的可能性极高学生们被安排住进现场附近的酒店。非常担心园子的小蘭向开侦探事务所的父亲·毛利小五郎求助。其间，犯人竟大胆打来第二个绑架预告电话：“明天正午，我会再带走一个人” 新一班级的所囿学生都被集中在酒店大厅出入口全都上锁，更有多摩川刑警指挥的县警严阵以待大家在紧张气氛中迎来了正午时分，酒店突然停电虽然迅速恢复了供电，新一却发现身边的小兰忽然消失了…