工藤新一是全国著名的高中生侦探在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博壵，博士为他度身打造不少间谍武器为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名暗中追查他们，希望能得到解药一日，新┅的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落柯南在小学认识步美等小学生，他们┅起组织了一个少年侦探对向罪犯宣战！