民事案件二审结束后进行申诉被驳回，申诉被驳回被驳回现有证据足以推翻二审判决，当事人可以通过二种途径来处理：
1、向二审法院或其上级法院进行审诉由法院审查后主动启动审判监督程序进行再审。
2、向检察院申请抗诉由检察院审查后，如果认为判决错误的可以依法定程序向法院提起抗訴。
第一百九十八条各级人民法院院长对本院已经发生法律效力的判决、裁定、调解书发现确有错误，认为需要再审的应当提交审判委员会讨论决定。
第二百零八条最高人民检察院对各级人民法院已经发生法律效力的判决、裁定上级人民检察院对下级人民法院已经发苼法律效力的判决、裁定，发现有本法第二百条规定情形之一的或者发现调解书损害国家利益、社会公共利益的，应当提出抗诉