KEGG分析前的数据整理可以把logfc都很小换成F吗

日报收录肖半仙:【请先点关注+贊后观看之作】养老保险:单位每个月为你缴纳21%,你自己缴纳8%; 医疗保险:单位每个月为你缴纳9%,你自己缴纳2%外加10块钱的大病统筹(大病统筹主要管住院这块); 失业保险:单位每个月为你缴纳2%,你自己缴纳1%; 工伤保险:单位每个月为你缴纳0.5%,…

}

  

  

  

  
 

  
 

(2)更改swiss_dia_matches.m8文件将其第二列以“.”分开,只取“.”前面的字符串更改后如下表所示:

  
 


 
 
 
(4)运行py文件进行GO注释:
 

  
 

 

  
 

  
 

  
 


  
 




  
 
 

  
 

 
(2)GO富集分析(以CC为例,BP、MF同)

  
 

  
 
(3)KEGG富集分析

  
 
(4)ggplot2作富集term條形图(以GO富集分析结果为例)
 








}
## 不同的阈值筛选到的差异基因數量就不一样,后面的超几何分布检验结果就大相径庭
 
 
 
 
 
#merge函数:将两个数据集合并
#用于指定依据哪个列合并,常用于当两个数据集公共列洺不一样的时候;
### 做KEGG数据集超几何分布检验分析重点在结果的可视化及生物学意义的理解。
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 #调用其他文件中的函数
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 #处理数据挑选一部汾数据
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
### 做GO数据集超几何分布检验分析,重点在结果的可视化及生物学意义的理解
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
}

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