剧情和人设说完，再来说说作为一款塔防游戏的核心部分：关卡的设计和不同塔种的功能区分。《明日方舟》的逻辑策略和市场上一般的卡牌游戏截然不同，不是以“培养强卡”作为取胜关键，更多注重职业搭配甚至精细到了每张牌什么时候上场，什么时候使用。不需要高星角色只要玩家手上的职业齐全是能够用低星阵容正常游戏的。玩家想要赢只能靠策略没有1vN的强卡，只能不断的花时间去尝试体验，通俗点来说《明日方舟》你可以不氪金，但是必须得肝。

卡关卡级的确是很多玩家遇到的问题，游戏都这么难了新手教程还不能起到游戏引导的作用，真的是有点劝退玩家了。很多玩家已经被市面上的卡牌游戏养成了无脑推进关卡，突然出现这么一款需要自主性的游戏的确很吸引，但没有给玩家足够的时间和空间理解游戏，就好比给了我根鱼竿但没有教我怎么钓鱼，还一种“钓鱼你都不会？”的感觉。还好之后在难度上制作组降低了入门门槛，下调了前中期的关卡难度，游戏体验上令人愉悦。

争议的最大问题就是作为一款二次元塔防手游，《明日方舟》实际上更多对标的是FGO。同类游戏虽然游戏方式不同但本质都是抽卡养成，曾经《明日方舟》最大的问题就是资源和养成不对等，每个角色升级、精英化都是需要数万钱币以及上百张经验卡，一个倒还能接受但游戏中一上场就12个角色，单个消耗资源乘以12的确是吃不消。即使在后期游戏将资源上调还有着三星绝色培养资源返还等等福利，但养成系统中的不合理性被消除了很多。

抽卡上《明日方舟》之前的爆率可以说是丧心病狂，一旦十连就是不出货，你要问我有没有保底，对不起保底是什么我没见过。为了留住玩家策划出了各种活动，比如七日签到、提搞公开招募的存在感的确是拯救了很多脸黑玩家，更多是卡池保底了，还提高了出货率。除了这些，还准备了丰厚的奖励，这波操作直接让不少脱粉玩家“失忆”重回方舟。

从测试备受瞩目到三测版本虐人掉分，在到现在大幅度修改难度挽留玩家成为热门游戏，《明日方舟》可以说是本年度“最佳”游戏。虽然运营一直对于玩家都是不温不火的态度，但在游戏改善上的确是安抚了不少玩家，使整个游戏有了与之相符的品质。