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如何在NCBI上寻找要扩增的序列?我要用PRIMER 设计引物.位点是CYP2C19*2,是一个SNP的位点.我在NCBI里查到了这个基因的信息.现在我有3个问题如下：1.引物设计的对象是FASTA中的序列还是GENEBANK中的序列?据说这两个一个是模板链,一个是非模板链.2.该SNP是G 683 A...请问683是怎么数的?3.设计引物的时候是从SNP上下选取多少bp的碱基合适?100?还是500?
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博凌科为-为你回答之前,提醒你注意一个问题,那就是先要搞清楚gene的大致概念.一般而言,一个完整gene是有起始密码子和终止密码信息的,还有各种已知的其他预示结构,所以1.不管哪个序列,你能找到起始密码子及终止密码子,就是这条序列了.2.从这个gene的起始位置算喽3.选取的位置,没有绝对规矩.一方面取决上下游位置的保守情况,越保守越好,还取决pcr和测序情况,你擅长测2,300bp的序列呢,还是500以上的bp呢?回答完毕,得奖励楼!
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Q1: FASTA 和Genbank是格式的不同，序列是完全一致的。无论哪一个都是非模板链。Q2: 不知道你的683是从哪里查到的，似乎应该是681。给你一个网址参考一下。 http://www.cypalleles.ki.se/cyp2c19.htm根据作者收集的蛋白质序列变化信息，记数位点1是转录(CDS序列)ATG的A, 注意一般没有0位点，5‘端从-1开始编码...
扫描下载二维码关于ncbi基因库比对的问题？ - 知乎3被浏览381分享邀请回答class.coursera.org/bioinfomethods1-00101 条评论分享收藏感谢收起小木虫 --- 600万学术达人喜爱的学术科研平台
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大虾救命！求助关于NCBI登录号申请过程中要求提交“clone name”问题。
小弟最近从土壤筛选到一个菌株，做了ITS分析鉴定，最后获得了一段序列。前天将该序列递交到NCBI，想申请一个登录号。后来那边返回要求填写“clone name”，我第一次做这个，不知道所谓的“clone name”是什么，是我自己随便起个名字，或者是需要依据什么来给名？小弟学艺不精，还请各位大侠指点，最好详细点，能举例最好，呵呵（菜鸟要求真高）。分子生物学相关的真不知道多少。谢谢啦！！:cry:
好的，已经解决了。谢谢
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【求助】通过NCBI选择tap snp
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这个帖子发布于6年零165天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
最近在查找一个基因的tap snp，学习了一下网上的攻略，多为使用HapMap和Haploview的组合。自己摸索了一下，发现以下问题：1、同一个基因，HapMap上显示的基因位置和NCBI、GeneCard等网站上的不一致，且相差有点大.....2、同一个基因，NCBI等网站上有明确的基因位置，但是HapMap上却找不到......3、NCBI和HapMap上显示的SNP很不一样。现我有一个基因，HLA-DQB1（HUGO的官方基因名），想找它的tag SNP，但HapMap上找不到该基因，NCBI上能找到。我怎样才能找到该基因在+/-100kb范围内的tap SNP呢？？请各位大大不吝赐教！！！等待ing！！
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z31_xiaoz edited on
你说的第一个问题是因为NCBI和HAPMAP上的数据更新的时间不一致,HAPMAP上更新很慢,例如基因位置和SNP位点的位置表示的都不一样. 至于基因位置,在HAPMAP上是可以找到的.SNP的信息是NCBI上应该更全一些,但是更杂,有很多信息是错误的或者冗余的.
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wudaliming 你说的第一个问题是因为NCBI和HAPMAP上的数据更新的时间不一致,HAPMAP上更新很慢,例如基因位置和SNP位点的位置表示的都不一样. 至于基因位置,在HAPMAP上是可以找到的.SNP的信息是NCBI上应该更全一些,但是更杂,有很多信息是错误的或者冗余的.我在HAPMAP上搜索HLA-DQB1是搜索不出来东西的，换了ensembl号和ENTREZ号也不行。不知道是不是我的设置问题呢？这个应该跟使用的数据库关系不大。我现在想找HLA-DQB1这个基因的上下游100Kb范围内的Tag SNP，不知道怎么做呢？
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你可以用试试，网址。可以根据gene name，geneID，rsID等寻找上下游范围的SNP或TagSNP，参数设置很简单，界面比较友好，应该是与Hapmap同步更新的。我试着搜索了你要查的基因和范围，没有问题的。
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pengpengwp 你可以用试试，网址。可以根据gene name，geneID，rsID等寻找上下游范围的SNP或TagSNP，参数设置很简单，界面比较友好，应该是与Hapmap同步更新的。我试着搜索了你要查的基因和范围，没有问题的。很感谢pengpengwp的帮忙，这个网站确实不错，能自定义检索的基因上下游范围，比NCBI的要方便，而且还能提供一些SNP的基本信息。我比较了一下NCBI提供的数据，来源是一样的。省下了我要自己编程序的工夫了，哈哈！！比较一下HaploView和这个网站的结果，相似度还可以。但又有了一个疑问，如果方法和数据来源一致，范围也很接近，为什么结果还会有出入呢？
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z31_xiaoz edited on
是否注意到了GVS上有一个Hapmap3的数据是否采纳的打钩选项，haploview分析的数据基本都不包括hapmap3的，hapmap3的数据和hapmap2是有区别的。我也是刚入门，互相交流呀。
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haploview4.02的Hapmap数据更新到了release 27，是包括了hapmap phase3的数据的。最让我纠结的是GVS上的其他数据库不够新，如dbSNP数据库。不知道会不会对结果造成影响。
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为什么接下来就没得了，还想问问题呢
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我想问问如果用GVS查找tagSNP的话，参数要怎么设置？
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