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　　第1集：云霄飞车杀人事件
　　黑衣组织 主线情节：新一和小兰在游乐园碰到了杀人事件，迅速解决此案后，新一发现了行踪诡秘的伏特加（Vodka），跟踪继而发现了Vodka在进行黑吃黑的非法交易。然而过于集中注意力的新一没有发现如幽灵般出现在身后的琴酒（Gin），被一棍打翻后灌下了APTX4869，继而变小，柯南的历程也因此展开。

　　第48～49集：外交官杀人事件
　　主线情节：来到毛利侦探事务所的关西名侦探服部平次给感冒的柯南喝白酒，之后遇到了一位来寻找小五郎的外交官妻子，结果到外交官家里后却发现外交官死亡。当服部平次自以为破获这起谋杀案时，柯南变回工藤新一突然出现并指出平次推理的错误，圆满解决了案件。最后因为解药药效消失而再次变小。

　　第54集：电玩公司杀人事件
　　主线情节：在电玩公司里柯南偶遇了组织成员龙舌兰（Tequila），并从他嘴里第一次听到了Gin和Vodka的名字，没想到倒霉的Tequila却误提了别人的手提箱，被手提箱中的炸弹炸死做了大冤鬼。

　　第128集：黑衣组织10亿元抢劫事件
　　主线情节：关于TV较之漫画所出现的BUG问题，我这里不详细讲。此集中宫野明美（黑衣组织成员）假扮银行职员，参与策划了一起银行10亿元的绑架案，随后几天内共犯陆续被神秘地杀人灭口。柯南查到了明美的蛛丝马迹，在她家搜寻证据时被明美击昏，清醒后尾随明美而去至一仓库，却发现明美已倒在血泊之中，而幕后的凶手，居然就是黑衣组织！！

　　第129集：来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
　　主线情节：柯南他们班里新转来一位名叫灰原哀的女学生。不料当晚她竟然告诉柯南，她是黑衣组织的成员。原来灰原是组织里开发APTX4869的主要负责人，原名宫野志保，组织代号“Sherry”。而上一集中被GIN击毙的宫野明美，居然就是灰原的亲姐姐。因为姐姐的死，使得灰原以停止药品研究作为抵抗手段来报复组织，结果被组织锁在毒气室准备将其处决。抱着必死之心的灰原吞下了事先藏好的APTX4869企图自戕，不料竟也和柯南一样身体变小，并从毒气室里逃了出来。最后为阿笠博士所收养。

　　第130－131集：竞技场无差别胁迫事件
　　故事内容和主线情节无关，但灰原讲的一句话曾让广大柯南迷浮想联翩：“工藤君，也许你自己不知道，其实半个世纪前你就在组织的计划中了”。这究竟是怎么一回事？半个世纪前优作大概都没出生呢！看来只有等青山来解释了。

　　第170－171集：黑暗中的死角
　　故事本身没有主线情节出现。然而这集却是为今后的主线情节打下了一个相当经典的伏笔。这个伏笔一直到了345集才被解开。让人不得不佩服青山的魔鬼思维。初次登场的新出医生以其秀气的容貌和善良的心地博得了很多柯南迷的好感，然而殊不知这一集却是新出医生在361集前最后一次出场……)

　　第176－178集：与黑衣组织的再会
　　主线情节：柯南和灰原在放学回家的路上，竟然发现了Gin的保时捷车，于是对其进行跟踪，却因Gin发现了车上装的跟踪器而不得不放弃。但是柯南依然打听到了黑暗组织准备在杯户饭店由组织代号为Pisco的成员进行暗杀活动。救人心切的柯南赶到杯户饭店，却无法阻止凶杀事件的发生。更为糟糕的是，Gin已将Sherry在跟踪自己的事通知了Pisco，并告诉他Sherry必然也会去杯户饭店。老奸巨猾的Pisco在暗杀得手后偶尔见到灰原，竟认出了她就是Sherry，于是乘她和柯南走散之际将之用麻药迷昏后藏在饭店的一个酒窖里，自己却被警察留下和其他嫌疑人一起接受盘问。柯南在和灰原取得联系后，让她试着喝下白干酒。于是灰原也如同柯南预料的一般变回了成人体形，并因此得以从壁炉的烟囱逃至饭店顶楼。不料Gin和Vodka早已在顶楼守株待兔了。在Gin的拷问下灰原拒不说出离开组织后的行动，身中数枪。这时柯南赶到，用麻醉枪击中了Gin，同时灰原用尽了全身力气再次由烟囱逃回酒窖，此时白干效力已过，灰原身体再次缩小。既而Pisco终于露出他的真实面目，在他准备处决灰原时，柯南再次赶到上演英雄救美，而Pisco则因为暗杀过程中出现了不可挽回的失误被Gin灭口。

　　第226至227集：战斗游戏的陷阱
　　故事中的案件依然和主线情节八辈子打不着一杆。然而这集却是青山一个最大骗局上演的开始。本集中又一个举足轻重的人物，小兰的英文老师Juddie登场。乍看之下她只是一个身材火辣，性情开朗并且毫无心机的洋妞，然而故事里她却会时常若有所思的盯着进行推理的柯南，故事结尾更是引起了柯南迷滔天的疑惑和猜测：告别柯南的时候，突然意味深长的对柯南说了句：Bye bye, cool kid.然后在公寓里的通电话中我们更是发现原来此人身份绝不简单，她似乎正在负责监视着某人，而此人正在上学中（大多数的柯南迷都一口咬定这个某人便是柯南），同时她给被监视的人取了一个代号叫“腐烂的苹果”……

　　第230－231集：迷一样的乘客
　　主线情节：侦探团在乘公交车去滑雪的途中邂逅了新出老师和Juddie老师。此时公车上突然上来了两名劫匪。原来他们要拿乘客当人质来交换被警方关押的老大。同时灰原猛然感觉到车上有组织里的人，并且此人带给她的压迫感竟然如此之大以至她无法克制地浑身颤抖起来。柯南成功地揭穿了劫匪的阴谋，并且连同Juddie老师一起制服了劫匪。

　　第253－254集 本厅刑事恋爱物语4
　　本身案件无意义，不表。有两个值得注意的地方是，一是小兰在饭店里看到赤井秀一居然有似曾相识的感觉，二是柯南和新出合力扮演了高木警官，一个出身材和动作，一个出配音。有人认为有可能就是从这集开始，柯南对新出的身份产生了怀疑。因为他注意到了新出超强的模仿能力。

　　第258－259集 来自芝加哥的男人
　　又是比较精彩的一集。又是一个神秘人物James Black登场。而灰原也不知为何表现出对赤井有着极度的恐惧。故事最后表明James和赤井是同事关系，James问赤井为什么把长发给剪去，赤井笑答，被恋人甩了。James又问，那么叫我出来是不是想和恋人重归于好呢？赤井眼中寒光一闪说：“把我甩掉……要让她后悔，用血泪！”这里我们再次得知赤井有一“恋人”，于是关于这个恋人是谁再次掀起大讨论，Juddie、Vermouth、灰原、明美，每个人都有一定的理由。另外这里望月想和已经通晓主线剧情的柯南迷讨论一个有关James的问题。从后面的故事我们可以得知James是赤井和Juddie在FBI的上司。然而James的FBI身份很让人值得怀疑。为什么呢？因为在345集里Juddie曾经问过Vermouth,柯南这个小鬼虽然人很聪明，但是毕竟还是个小鬼，应该是cool kid（Juddie自己一直那么称呼柯南的）然而她发现Vermouth在柯南的照片下角写了个"cool guy"，为什么要叫一个小鬼"guy"呢？那是因为Vermouth知道柯南的实际年龄已经是个guy了，所以才那么叫他的。那么，问题来了，在259集里，柯南制服了绑架James的劫匪之后，James一脸阴沉地自言自语道：我不得不承认，你干得真漂亮！Cool guy!!他居然也叫柯南"guy"，那么说他也知道柯南的实际年龄了？另外青山通过柯南给我们留下了一个信息就是JAMES和福尔摩斯的终极对手莫里亚蒂教授是同名的.再想想Vermouth在345集中对FBI的暗号行动了如指掌，不得不让人怀疑James的真实身份啊……

　　第269－270集 犯罪的纪念品
　　案件本身无关紧要，与主线有关就是暮目提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。偷案卷的是Vermouth，主要目的是了解与新出相关的那个案件（可惜仍然遗漏了细节），将相关案卷都偷走就是为了误导FBI她的目标和小五郎有关，在故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利，同时我们也进一步被青山误导。

　　第271－272集 急忙掩饰的忽略
　　案件不表。故事里小兰因为Juddie留下的一个关于X对于女性意味什么的作业而头痛不已，而Juddie在案件结束后又是再抖劲料：It is almost time to pick the apple!预示马上就会有一个大行动了。故事结尾Vermouth坐在电脑前给Gin写E-mail的时候提到了X。她说X表示kiss，只有女性可用，同时它又是仇恨的标志，再者它又可以表示目标。说着Vermouth手一扬，一只飞镖脱手而出飞向飞镖盘上的一张Sherry的照片，照片上的Sherry被画上了一个巨大的X，飞镖正中X的正中！照片下方是柯南和小兰的照片。由此我们知道了Vermouth留在日本的目的就是找到Sherry,而柯南和小兰似乎也被她关注着。并且我们发现，Vermouth好像对Sherry有着一种特殊的仇恨，不知道是不是因为Gin的关系。而我们继续被青山误导，跌进了Juddie=Vermouth的无底深渊。

　　第277－278集 英语教师vs.西部名侦探
　　主线情节：柯南将毛利被人调查的事告诉了博士，两人经过分析发现当时杯户饭店中（与黑衣组织的再会）除了Pisco，还有一个组织中的人。而这个人很有可能就是美国大明星Chris Vineyard。柯南托博士去调查一下Chris的网站，看看能否找到有用的信息。同时服部平次也出现在博士的家中，原来他是受博士所托过来协助柯南的。两人决定去调查一下身份十分可疑的Juddie老师。来到Juddie家里后，又碰上了发生在邻居家的凶杀事件。在调查真相的过程中，服部平次和Juddie又在暗中互相较劲，然而最后平次和柯南无法取得关于Juddie真实身份的决定性线索，而Juddie用微型照相机悄悄拍下的服部的胶卷，也不知何时被服部取走了。英语教师和西部名侦探的对决可说是不分胜负。

　　第279－280集 迷宫的阴暗
　　主线情节只被带到了一点。博士应柯南的要求去Chris的网站上查过信息。发现她就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。在母亲的葬礼上，面对记者的追问，Chris曾神秘的回答道：A secret makes a woman woman!另外，有希子也出现在了莎隆的葬礼中，但是她的帽檐压的很低，所以美国的网站上显示当时并没有人认出有希子的身份，只是谣传说日本的前人气女明星也出席了葬礼。

　　第286－288集 工藤新一NY事件
　　主线情节：小兰在餐厅用餐时晕倒，继而回想起了几年前和新一一起去纽约的经历：有希子带着新一和小兰去百老汇看经典歌剧“不和的金苹果”。小兰也因此而见到了心中的偶像莎隆宾亚德。原来有希子和莎隆曾师出同门，两人同时拜在一位魔术大师的门下学习易容术。而小兰发现莎隆似乎对上帝十分不屑，自称“天使从来没有向我微笑过”。然后又是老方一贴的发生了与主线无关的杀人事件。解决事件后，新一和小兰在回旅馆的途中撞上了近来在纽约疯狂作案的日籍银发杀人魔。杀人魔在欲将两人灭口的时候不慎失足从楼上摔了下去。却被新一和小兰合力拉了上来。新一更是对杀人魔说出了让小兰芳心大动的名句：人杀人的理由我是不知道，但是人救人是不需要理由的！杀人魔也因此放过了两人。第二天消息传来，杀人魔自杀身亡。而莎隆也给有希子打了电话，声称“看来我也有自己的天使”。

　　第307-308集 残留下来的无声证据
　　主线情节：3名委托人造访毛利侦探事务所。说是寻找失踪了的有名的软件工程师板仓。3人分别是各自游戏公司的职员，委托板仓开发不同的软件。小五郎从发送给3人的图象来到旅馆的房间。但是与委托人一起进入房间的时候，板仓却已死亡。案件调查中柯南发现板仓竟然和黑衣组织成员龙舌兰（TV54 电玩公司杀人事件）有过接触，同时他还发现板仓有张用来写这几年的日记的软盘。柯南认定软盘中有有关组织的信息，于是火速解决了案件，拿到了软盘准备去博士家一探究竟。谁知他和小兰在回家的路上，竟撞上了好像突然从地底冒出来的赤井秀一。

　　第309－311集 与黑衣组织的接触
　　主线情节：在和莫测高深的赤井正面接触了之后，柯南匆匆赶到了博士家，说明来意后两人用电脑打开板仓的日记软盘。日记比较详细地记录了板仓和黑衣组织接触的经过，原来黑衣组织一直在威胁板仓为其制作一款神秘的系统软件。同时柯南发现双方交货日期以至便决定瞒天过海以板仓的身份去和组织进行碰头，随即他便和博士驱车来到板仓一座匿于深山老林中的别墅，此时恰逢Vodka打来电话，为避免黑衣组织得知板仓以死的消息，柯南当机立断用变声器伪装板仓声音将交易时间提前，双方约定4小时后在东京进行交易。在赶回东京的途中，柯南作为热身收拾了两个珠宝大盗，之后拜托博士留下处理两人，自己独闯龙潭。结果柯南留在假系统软件上的跟踪器再次被Gin识破，幸而自己及时躲进了储藏柜逃过了Gin和Vodka的追击。

　　第329集－330集 金钱买不到的友情
　　本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。原来他是化学领域非常有名的科学家，被称为“被科学界放逐的疯狂科学家”，待人和气有礼，并且是阿笠博士的旧识。

　　第335－336集 东都显影所的秘密
　　主线情节：有希子回到日本，接侦探团去东都显影所看电影。在路上有希子和柯南发现他们正在被人跟踪，柯南认为跟踪者不是冲着他就是冲着灰原来的，并且很有可能就是黑衣组织的人。

　　第338－339集 4辆保时捷
　　主线情节：故事中的事件与主线无关。但在这集中，我们的灰原的身份终于暴露了！故事的结尾，整集故事都没有露面过的Vermouth冷笑着用打火机烧掉了Sherry(灰原）的照片，并得意地自言自语道：“找到了……你准备好了吗？我来找你了！”

　　第340－341集 隐藏在厕所里的秘密
　　主线情节：柯南、灰原和博士去了灰原的父亲宫野博士生前工作过的事物所，想从那里得到一些黑衣组织的资料以及灰原父母的行踪。结果他们在厕所中找到了宫野明美放在那里的灰原妈妈留给灰原的磁带。

　　第343－344集 便利店的阴谋
　　主线情节：Juddie老师突然间辞去了帝丹高中英文教师的工作，说是想回美国了。在告别派对上，小兰无意间在Juddie的卫生间的镜子后面发现了大量自己与柯南的照片，不禁疑云顿生。

　　第345集 与黑衣组织直面对决－－满月之夜的双重迷案
　　主线情节：笼罩在柯南和灰原身边的黑暗之光终于开始发出了最终的闪耀。小五郎和柯南同时收到了Vermouth发来的邀请，邀请他们去参加一个满月之夜的化妆派对。重要的是，寄给柯南的邀请状信封上写着“工藤新一收”，而请函上的称呼却是“江户川柯南”！看来柯南就是新一这个秘密也被组织发现了。灰原哀知道Vermouth邀请柯南去参加这个“来自黄泉的派对”时，极其强烈地提出反对意见，却被柯南用麻醉针给麻倒了……与此同时，Gin和Vodka也收到了Vermouth的邀请。
　　小五郎和园子踏上了举办“黄泉派对”幽灵船，他们发现应邀的人都无一例外地打扮成了鬼怪的模样，有僵尸、狼人、美杜莎，更有一个打扮成透明人的家伙神秘地在来宾登记表上签下了“工藤新一”的字样……
　　这时，博士家中，录音机里放着博士和柯南的对话，而两人已不知所踪。醒过来的灰原接到了新出老师的电话，原来他想带感冒一直没好的灰原去医院看病，灰原欣然同意。谁知这个电话居然被Juddie监听着！她的脸上露出了莫测高深的笑容，手中则握着那张被打上了X的Sherry的照片。
　　博士家的门铃响了，满以为是新出来了的灰原打开门一看不禁大吃一惊，原来门外站着的竟Juddie（此时小哀惊恐的战栗也让人更加确信Juddie是组织的人...青山真是见缝插针呐= =b）!她抢在新出之前来到了阿笠博士家，并说自己是替新出来接灰原的。在路上被耽搁的新出驾车来到博士家正好看到灰原和Juddie的车开走，于是他便开车跟在了两人的后面。
　　与此同时，化妆派对上不出意外地发生了杀人事件，小五郎没了柯南在背后支持自然无法解开真相。而此时先前那个神秘的隐身人则声称自己已经看破了一切。他更是慢慢解开了缠在自己脸上的绷带：居然是工藤新一！！所有人都惊讶万分，因为新一已经销声匿迹很长时间了。而潜伏在船上的Vodka更是纳闷：这个高中生侦探明明已经被Gin给干掉了，怎么能起死回生？尽管众人议论纷纷，可新一仍旧轻松解决了船上发生的杀人事件。
　　话表两头，带着灰原的Juddie开着车引着新出来到了一个无人的码头。她停下车后开始拿前段时间在新出家里发生的杀人事件（170－171 黑暗中的死角）来盘问新出，后者在回答中露出了致命的破绽：他的回答和警方保留的案宗上记录的一样，然而警方的案宗所记录的并不是当时所发生的事实，亲临案件的新出是不可能回答错误的。此时这个假新出终于露出了自己的真面目－－Vermouth!!原来新出才是Vermouth一直假扮的！！！那么Juddie又到底是谁呢？她是FBI的特工！Juddie全家在二十年前被Vermouth灭口，只有Juddie一人幸免于难。发誓报仇的她不仅继承了父亲的遗志加入了FBI，更是牢牢记住了Vermouth杀人当晚对她说的一句话：A woman!这就是为什么Juddie也说过这句话的道理。Juddie还告诉Vermouth,其实FBI很早就在跟踪名义上是大明星克里斯.宾亚德的Vermouth了，所以他们早就知道新出是Vermouth假扮的。一直面带微笑的Vermouth听着听着突然企图开枪反击，Juddie在打掉Vermouth的枪之后，又抖出Vermouth和其已故的母亲莎隆.宾亚德其实是一个人，因为FBI收集到的两人的指纹是一样的！Juddie高喊着让FBI的其他同僚们出来逮捕Vermouth，同时又问道：这么多年了，你为什么不会老？就在这个时候，一发狙击子弹击中了Juddie，并让她丧失了行动力。原来，Vermouth也不是省油的灯，她也早就发现了FBI对自己的侦察。神通广大的她更是摸清楚了FBI的联络方式和暗号，在Juddie去博士家接灰原前，Vermouth已经化妆成Juddie的模样来到了码头并以Juddie的身份支走了所有埋伏在那里的FBI，且在那里埋伏下了自己的帮手－－狙击手Calvados！看来两个美女的比拼还是Vermouth占了上风。
　　当她正准备送Juddie上西天的时候，一只皮球突然从Juddie的车中破窗飞出，击飞了Vermouth手中的枪。灰原从车中走了出来。与此同时，在化妆派对上的新一微笑着撕开了蒙在脸上的面具，居然是服部平次！而灰原也是一把扯去了脸上的伪装－－“江户川柯南！是个侦探！”
　　原来，柯南一早猜到了黑衣组织想用调虎离山的方法将自己骗去参加派对，他们则可乘机向灰原动手。而这个时候及时赶来的有希子和平次帮了他的大忙：有希子利用自己的易容术将平次化妆成了新一，将柯南化妆成了灰原哀。这样，平次代新一参加了派对，而柯南则在家中坐等和黑衣组织的对决。
　　Calvados因为Vermouth的站位正好挡住了柯南，没法进行狙击。而柯南则用麻醉枪逼Vermouth进车。正在双方僵持不下的时候，灰原哀也赶来了！原来她事先藏好了一副柯南的跟踪眼镜，在从麻醉中苏醒过来后，不愿让柯南一人去面对组织的灰原撬开了反锁的房门，用跟踪眼镜找到了柯南，也见到了她一直恐惧不已的Vermouth。分了心的柯南大声嚷着让灰原赶快离开，却不慎被Vermouth抓住了他的麻醉枪一针将他麻倒。此时的灰原哀倒已完全冷静了下来，她对已经控制了整个局面的Vermouth说，愿意用自己的性命去换柯南还有博士的命。Vermouth笑着答应并准备结果灰原时，Juddie的后备车厢突然弹开，小兰从里面跳了出来。她大概是在看到Juddie的那些照片后为了调查Juddie的身份而跟来的吧。小兰扑向灰原，用自己的身体将灰原按倒在了地上，Vermouth想起了小兰救过自己一命的情景（工藤新一NY事件中银发杀人魔原来就是Vermouth假扮的），忘情地大喊道：Move Angel!!!(躲开！！天使！！）却忽视了一旁的Juddie已经爬到了Calvados狙击的死角，她举枪命令Vermouth扔掉武器。此时Juddie的身后响起了不紧不慢的脚步声，Vermouth以为那是Calvados过来支援自己了，却不料黑暗中闪出来的人竟然是之前那个一直像谜一样的人物：赤井秀一！原来赤井的真实身份和Juddie一样，都是FBI。他轻松地打断了Calvados的双腿，缴下了他所有的枪后再出来对付Vermouth,果然也是强人一个！！看到赤井后的Vermouth似乎乱了方寸，她立刻想开枪击杀赤井。赤井果然身手不凡，抢先一步用霰弹枪轰中了身穿防弹衣的Vermouth.受了重伤的Vermouth抱起昏睡的柯南做人质，逃离了现场。接着赤井惊讶地发现，原本以为已经被缴光了武器无法动弹的Calvados居然不知从哪里又摸出了一把枪自尽了。最后FBI还是白忙了一场，一个重要的嫌疑犯也没有抓到。
　　而逃跑了的Vermouth在和黑衣组织的最终BOSS通完电话后才发现，柯南的身上安装了心脏电波监视器、信号发射器和录音机。早已醒转过来的柯南此时告诉Vermouth,如果自己被杀心跳一停的话，那么刚才Vermouth给BOSS打电话的录音还有BOSS手机的邮箱地址统统都会被信号发射器传送到在附近接应的阿笠博士那里，那时警方就可以根据邮箱地址来找到BOSS的住所。柯南还说，如果Vermouth不想这种事发生，那么就必须带自己去见BOSS，来做个最后的了断。Vermouth假意服输，却突然间放出了催眠瓦斯。她告诉柯南这就是赌博：如果柯南先醒自然可以叫警察来抓她，甚至可以根据电话内容去抓BOSS，可如果是她先醒呢？柯南就得赔上自己的命了。可怜我们的柯南说到底还只是个小毛孩子，关键时刻就是不如这些训练有素的犯罪分子。Vermouth用了以前Gin也使用过的方法，开枪打伤了自己以保持清醒，在取得了柯南费尽心机搞到的电话录音后离开了。
　　故事的最后，Vermouth给Gin打电话要他来接自己。听了Vodka关于化妆派对上整个事件经过的报告后的Gin问Vermouth,认不认识一个叫工藤新一的小鬼。Vermouth迟疑了一下说，不知道……

　　第346—347集 寻找P股上的印记
　　主线情节:Juddie对小哀提出对她进行证人保护制度，而小哀也想答应，但是在这两集的案件中，布美勇敢而且不怕逃避丁精神感动了小哀，小哀在第二天放学时来到了病床上的Juddie面前，拒绝后Juddie也说果然和她想到一样，在小哀离开后，James对着Juddie说小哀很像以前的Juddie。

　　第361—362集 帝丹高中学校怪谈
　　主线情节：消失了很长时间的新出老师再次回到了帝丹高中，在事件后新出老师感到Vermouth善良的一面，于是打电话询问Juddie，而juddie也很愤怒的说那只是Vermouth为了更好地扮演新出老师而表现出来的。

　　第371—372集 沉默的航线
　　主线情节：这集中犯人的一个电话给了柯南提示，他开始找寻BOSS的地址，开头的四位是0858

　　第385—387集 斯特拉第瓦里欧斯不协调的和音
　　主线情节：柯南根据vermouth的按键音发现了BOSS的地址和按键音，这集的犯人在最后告诉了柯南那首歌的名字是：七个孩子。

　　第394—396集 奇异屋宇的大冒险
　　主线情节：柯南想出来了BOSS的地址应该是和旋律有关的，而那首歌就是“七个孩子”，他想让高木去调查那个地址，但是小哀劝他不要轻举妄动，因为那样可能会让高木被杀，其实小哀早就知道了那个地址，并告诉柯南这个号码千万不能公布，它就像是潘朵拉的盒子。

　　第425集 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间
　　主线情节：小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。
　　小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈（代号Kir）实际是黑色组织同党一事。
　　随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。密切关注着怜奈的FBI探员朱蒂决定联手柯南，为了阻止暗杀计划，就要知道ADP和DJ的意思是什么……
　　阻止了第一次暗杀后，柯南又听到Gin要在Vane B暗杀DJ，在公路上FBI拦截了Kir（他们以为她是vermouth），因为路上一个小男孩出来捡足球，FBI的一辆车一个急刹，而在车顶的Kir也由于惯性被甩了出去，之后被送到医院。
　　之后vermouth和新人物Korn与Chianti发现Gin的联络器有很大的杂音，Gin找到了窃听器，于是改变目标，准备暗杀毛利大叔。
　　此时的毛利大叔还在欢快的看着电视上的赛马，Gin他们弄断了天线，大叔不得不拿出收音机继续听，Gin却以为大叔在窃听，还对着窃听器倒计时准备狙击大叔，在最后一秒的时候柯南赶回来用足球踢坏了玻璃，并且询问大叔赛马的情况，知道真相的Gin却仍不愿意放弃杀害大叔，正准备让狙击手开枪的时候，手中的窃听器却被在离他们700码的大楼上的秀一枪打飞了，Gin抢过还在震惊中的Chianti的狙击枪，刚瞄准就被打破了望远镜，此后又身中几枪，终于撤退。。。

注：按时间顺序，并非剧集顺序
*身为女明星的莎朗和工藤有希子一起向魔术师黑羽盗一（即怪盗基德的父亲，第一任怪盗）学习易容术，两人因此相识。
*真实身份为黑衣组织杀手的莎朗杀害了一直在调查组织的FBI探员，即朱蒂的父亲，并放火烧了朱蒂的家以毁尸灭迹，只有年幼的朱蒂幸免遇难，并被她父亲的同事以“证人保护计划”保护起来。
*新一和兰到纽约游玩，有希子招待他们看百老会的歌剧“黄金苹果”，在剧院门口两人遇见并认识了莎朗，但是在歌剧开演前莎朗借口有事先行离开。歌剧中发生谋杀案，新一协助破案后，有希子留下录口供，让两人先乘taxi回酒店。路上两人为找莎朗给兰的手帕而下车，兰先是遇见了正在追捕银发杀人魔的赤井秀一，后又在废仓库遇见正在逃亡中的受伤的银发杀人魔。银发杀人魔在想将两人灭口时因栏杆断裂而从高处掉落，被兰和新一所救，事后银发杀人魔被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。 （286 工藤新一纽约事件 银发杀人魔为贝尔摩德假扮 毛利兰初见赤井秀一）
*莎朗假造了自己的死亡，并以自己的女儿克里丝的身份继续生活下去，在组织里代号是”贝尔摩德”（Vermouth即苦艾酒）。
*龙舌兰找到了板仓卓，命令他开发一种系统软件。遭到了板仓卓的拒绝。黑衣组织拼命骚扰板仓卓，最后迫使他就范。
*新一被黑衣组织攻击，并被琴酒强行灌药而变成了柯南。
*漫画版的新干线爆破事件中柯南得知了琴酒和伏特加的代号。
*漫画版中的奇怪的寻亲杀人事件中宫野明美被琴酒杀害，但动画版改成了被警察逮捕。
* 电玩公司杀人事件 柯南偶遇黑暗组织的成员龙舌兰，但是他被炸死。
*黑暗组织10亿抢劫事件 哀的姐姐宫野明美被杀害。
*来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 哀逃离组织并寄住阿笠博士家。
*黑暗中的死角杀人事件，新出智明的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案。
*与黑暗组织的再会 哀被组织成员匹斯克绑架，后在柯南的协助下逃脱，匹斯克因身份暴露被琴酒灭口 （当时贝尔摩德也在现场，事后熄影并在日本定居下来。由于哀感觉当时有其他组织的成员在场，事后柯南开始怀疑她也是组织的一员）。
* 贝尔摩德制造车祸企图害死新出智明一家，并开始假冒新出智明的身份。另一方面，长大的朱蒂加入了FBI，追查贝尔摩德来到了日本，在察觉了贝尔摩德的企图后暗中救下新出智明，并且自己以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来，以便于监视。
*危命的复活，柯南变回新一并化妆成黑衣骑士与兰见面，被化身成新出的贝尔摩德以及朱蒂老师发现。
*格斗游戏的陷阱 朱蒂与柯南相识，并看见他借助园子破案（这是朱蒂的首次正式登场，显然她发现了柯南不简单，并且可能已经知道了内幕。）。
*神秘的乘客 本集刚开始时琴酒和贝尔摩德的一段戏就表明了本集和主线有关。少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的朱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救 （现在看来哀感觉到的组织成员就是贝尔摩德，而朱蒂与她在一起应该是为了监视其行踪，好在在柯南的掩护下无论是朱蒂或是贝尔摩德都没有发现到哀。同时，本集也是赤井秀一的第一次正式登场，在最后他的报告表明他正在监视什么人（现在看来应该是协助朱蒂监视贝尔摩德）。
*柯南等人认识了来自芝加哥的老人”詹姆士·布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，后在柯南的协助下被救，并被赤井接走。
*佐藤警官去和白鸟相亲，最终高木在柯南的帮助下成功阻止（本集唯一值得注意的是柯南是利用新出来达到冒充高木的目的的，但新出（贝尔摩德）帮助他圆了谎，这表明了贝尔摩德这时候已经知道了柯南=新一的秘密，原因可能是身为有希子好友，她很可能见过新一小时候的照片，因此发现了这个秘密，当然，他仍然谁也没告诉。另外从这一集开始新出出场的次数开始频繁，暗示他是与主线相关的人物）。
*犯罪的纪念品事件（案件本身无关紧要，与主线有关就是目暮提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。偷案卷的是贝尔摩德，主要目的是了解与新出相关的那个案件（可惜仍然遗漏了细节），将相关案卷都偷走就是为了误导FBI她的目标和毛利有关，在故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利，同时我们也进一步被青山误导）。
*方块三角事件，柯南又一次在朱蒂面前破案（案件本身仍然无关紧要，这一集有几点值得注意：一是朱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，并且提到了FBI。二是在案件中兰回想起自己曾经见到过”带黑色针织帽的男子”（即赤井秀一）；最后就是在故事结尾贝尔摩德发邮件给GIN，提到了雪莉酒，并且向打了叉的宫野志保（即哀）的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。个人认为这个时候贝尔摩德正式接到组织追杀哀的指令）。
*西部名侦探vs英语老师，案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑朱蒂=克里丝，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去朱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对朱蒂的试探未果。（这一集的重点就是在最后朱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样，按照后来的说法，这是朱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的，同时朱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀，不过当时这些照片的出现，显然给了我们朱蒂=贝尔摩德的很大的误导。另外柯南最后说的除朱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出）。
*中华街雨中的似曾相识。承接前面兰回忆起“戴黑色针织帽的男子”，通过兰在发烧病倒时的回忆倒述了黄金苹果事件（具体见前）。
*无声的证据，小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员tequila接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索--板仓的日记（案子的最后柯南和兰遇到了赤井秀一，提到了宫野明美）另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇。
柯南通过板仓的日记了解到了黑暗组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被Gin识破而失败（虽然是和黑暗组织的较量，但是和主线剧情的关系并不大（感觉Gin和伏特加都被排除在主线之外了），唯一的影响就是最后柯南和哀离开，时“恰巧”被赤井看到，好像哀也对此有所感觉。另外板仓的日记中提到黑暗组织的庞大计划甚至影响到人类的前途，看来我们的柯南离“拯救世界”的老套不远了）。
*金钱买不到的友情 （剧情本身和主线无关，但是在开始时，阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾瑞娜是一个英国留学生，并且黑暗组织可能正在从事让死人复活的计划）。
*黑暗中的圈套，少年侦探团遇到杀人事件，柯南协助解决。其中值得注意的是在故事的整个过程中柯南和哀都感觉到自己被人跟踪，不过跟踪者最后被迫放弃 （最后赤井秀一的出场，表明跟踪他们的人是FBI，由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相识，奇怪的是朱蒂和赤井好像不常联系，也不是经常互通信息）。
* 四辆保时捷 哀得了感冒发烧，博士和柯南送他去医院，但在停车场遇到命案而被阻，后来又遇到购物中的兰、园子和朱蒂，发现他们行踪的赤井秀一也跟踪而至，最后柯南解决了案件，但是博士却借朱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。故事的最后出现了贝尔摩德将哀的照片烧毁，并说“准备好了吗？我发现了，我去找你了”的画面 （这下哀可算是彻底暴露了，贝尔摩德和FBI双方都知道了她的住址，贝尔摩德还在博士家安了窃听器）。
*博士带柯南和哀去访问哀的父亲生前的好友，设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀的父亲的事。当然在设计所免不了又发生命案，柯南在破案的同时，也找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的，哀的母亲留给哀的录音带。（哀的母亲在留给哀的19岁的录音中应该提到了某件惊人的事情，不过出于青山爱卖关子的癖好，我们对此仍一无所知。另外在故事的最后，贝尔摩德打电话找组织成员”卡尔多瓦斯”（即苹果酒）来帮忙，正策划着某项行动）。
PS：这位卡尔多瓦斯可算是组指出场成员中最霉的一个，连个脸都没露，话没说半句就挂了。
*朱蒂辞去了帝丹高中的老师的职务（显然是也将有所行动），不过在兰和园子到朱蒂家中开Party时，兰意外发现了镜子背后的照片。
*贝尔摩德策划了幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和Gin，试图调开柯南而刺杀哀；朱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但是贝尔摩德已经知道了这个陷阱，并将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；但是哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟踪眼镜跟踪前往；最后，兰因为想了解朱蒂的真正身份，躲在了朱蒂的汽车的后备箱里。。。。真是错综复杂，其间各方势力相互冲突，各个密底纷纷揭晓，形势几变，具体情节这里也不详述了。最后贝尔摩德还是逃脱了赤井的追捕，也又一次放过了柯南，并且向Gin隐瞒了柯南和哀的事，而朱蒂设法瞒过了兰，兰仍然一无所知。（柯南知道了黑暗组织BOSS的邮箱地址，即“七个孩子”的曲子）。
*柯南等人去一钢琴世家，调查“七个孩子”的曲子。
*小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。 小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。 随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。遭到FBI与柯南的阻止，水无怜奈受伤，昏迷不醒。
*贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意。
*小兰的新同班同学本堂瑛佑总给柯南不好的感觉，四处寻找自己的姐姐本堂瑛海，本堂瑛海与水无怜奈长相一摸一样，但是血型不对。黑暗组织四处寻找水无怜奈，得到FBI帮助的水无怜奈假装昏迷不醒，被本堂瑛佑袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈为CIA的卧底，水无怜奈答应赤井秀一重新返回组织，但是接到的第一个任务就是杀死赤井秀一。赤井秀一疑似牺牲。
*水无怜奈向茱蒂透漏情报，组织排出了一个厉害的侦探波本。工藤新一的房子里搬来新房客，名为冲矢昴。据灰原哀反应来看此人来头不小。他到底是组织的卧底波本还是重生的赤井秀一？

值得一提的是，005在漫画版中与TV版中不同。漫画版中那两个人就是琴酒和伏特加，柯南偷听了他们的对话而得知他们的代号。然而TV版却改成了两个长相相似的人，后来动画版054中柯南又莫名其妙地知道了琴酒和伏特加的代号。这成了柯南TV版剧情的一个漏洞，但已经没法弥补了。而且在漫画的“奇怪的寻亲杀人事件”中，宫野明美是与琴酒和伏特加接头的，接着被杀害，而动画版改成了被警察逮捕。这段剧情像极了动画版128集，可以说128集是一个补丁，但这个补丁打得并有遗漏的地方：在第13集小兰和毛利大叔明明是认识宫野明美（即广田雅美）的，但是到了第128集却变成了只有柯南认识广田雅美，而小五郎和小兰完全跟没见过广田雅美一样。
第五部剧场版“向天国倒计时”中黑衣组织再度出场，他们杀死了背叛组织的电脑工程师原佳明，毁掉了常磐集团的电脑（防止组织资料外泄）并想尽办法追杀雪莉，但是没有杀成。
第十三部剧场版“漆黑的追踪者”中一个黑衣组织的间谍被卷入杀人案件后被杀害，他身上带有一张记忆卡被凶手拿走，而卡上有黑衣组织所有间谍的名单。因此黑衣组织派成员爱尔兰装扮成松本调查杀人案，意图追回记忆卡。贝尔摩德告诉柯南这件事情后柯南也决定去拿这张记忆卡。最后爱尔兰顺利拿到了记忆卡，当他在向琴酒展示记忆卡时，琴酒命令基安蒂射杀了他，并打坏了那张记忆卡（放大图显示）。至于爱尔兰的身份，剧场版13没有说。
那个间谍的身份剧场版也没有明说，但还是被眼尖的吧民M13_诺克查了出来。
在第一幅图，我们看到记忆卡是从护身符中拿出来的。而从第三幅图可以看出护身符的主人就是冈仓正明！再根据高木警官的推理和麻将上的符号，我们可以在第二幅图中看出右下脚那个笑容满面的男子就是黑衣组织的间谍。（遗憾的是，柯南很可能不知道第二幅图和第三幅图的线索，因此没有去追查这个间谍）

73在创作，绝对没定...
至于那些，不是73亲口说的就一定是传言...