flowjo如何导出图片 7.6.1怎么导出数据

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Flowjo.7.6.1 crack
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发帖求助前要善用【】功能,那里可能会有你要找的答案;如果你在论坛求助问题,并且已经从坛友或者管理的回复中解决了问题,请把帖子分类或者标题加上【已解决】;如何回报帮助你解决问题的坛友,一个好办法就是给对方加【热心】和【CB】,加分不会扣除自己的积分,做一个热心并受欢迎的人!
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楼主以后发帖子记得带图片的喽
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FlowJo是由美国斯坦福大学设计研发的一款非常强大的流式数据分析软件。它独特的人性化设计,简单的操作可以让您快速分析和管理复杂的实验数据,同时给出详细的分析报告。它可以分析任何流式细胞仪收集的流式数据,是流式领域最受推荐的一款专业分析软件。
以上来自百度
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你想被关小黑屋吗?什么内容介绍没有图片也没有,你没有学习过规则。
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多谢楼主分享
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没图,没真相& && && && &&&
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收藏了,谢谢楼主分享
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你想被关小黑屋吗?什么内容介绍没有图片也没有,你没有学习过规则。
新手,以后改进,谢谢提醒。
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说明清楚,这样会违规的
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各位大侠:
& &你们好!小弟最近做流式细胞周期测定,但不知道怎么用Flow Jo来分析数据,十分困惑,还请这方面的高手帮帮忙啊!小弟不甚感激啊!
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看看ATTACHED文件是否有助于你的Cell Cycle分析
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抱歉不知怎样上传
21:04 上传
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终于传上了
该用户从未签到
& && & 谢谢了!你用这个软件分析过细胞周期数据吧?Model选哪种好点呢?我用Dean-Jett-Fox怎么没有S期的拟合呢?劳驾你帮下忙了!
该用户从未签到
& &hbl_ca大侠,我的实验数据在另外一篇“求助流式细胞周期检测的数据结果分析”的帖子上已经附上,麻烦你能不能结合实验数据教下小弟我呢?哎,新手,对流式还是一知半解,盼望你能帮助下!谢谢!
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两个帖子问题一并回答。
一&&PI染色法测定细胞死亡最大的缺陷就是很容易混淆细胞碎片,坏死和真正的凋亡。因此真正测定凋亡最佳的方法是组合annexin-V/PI 与annexin-V/7-ADD,取决于annexin-V的标记。但有时,由于药物或siRNA的处理,尽管在显微镜下,明明观察到细胞凋亡的特征,如blebbing,但annexin就是染不上,只有在这种情况下才改用PI或DAPI等染色方法,来观察细胞“死亡”,包括细胞碎片和坏死的细胞。因而在数据采集是要设好阈值,去除细胞碎片。
二 细胞周期分析一般只GATE活细胞,尤其是你用FLOWJO软件分析是更是如此,否则该软件中的三种MODEL中任何一种都无法拟合数据。由于只分析活细胞,因此该软件分析G1+S+G2/M三者的百分数只和往往是100%。
三 如你真想既分析细胞死亡(Sub G1),又想分析细胞周期,据我所知,最好的软件就是ModFit。因该软件主要是用于分析细胞周期的。因它有一选项专门用于测定凋亡峰,既sub G1。如你用FLOWJO来GATE所有的细胞,同时分析凋亡和细胞周期,相当困难。这也许是为什么你无法用FLOWJO来拟合你的数据的一个原因吧。
四 如你只有FLOWJO用于数据分析,你可分两步来分析。1 GATE所有的数据来分析sub G1峰所占的比例,既细胞死亡。2 GATE活细胞来进行细胞周期分析。Watson 是比较简单的,先可TRY一下。
五 doc文件无法进行分析。
六&&我这有Cell_Cycle_Tutorial但有8Mb,需要分割才能上传,或直接到/home/tutorials/下载。你可按照里面的说明一步步来熟悉细胞周期分析。但该教学只适合FLOWJO。根据你提出的问题,我想你有该软件。
该用户从未签到
本帖最后由 xiajing_acm 于
17:50 编辑
& && &&&谢谢hbl_ca!我想再补充下我的情况,我实在外面上的机,流式细胞仪的型号是Beckman FC500。仪器上有自带的分析软件CXP软件,上机的师兄帮我分选细胞后,上面就自动得出了细胞分布的直方图,是LMD格式的文件。然后我把LMD文件的结果和自带的CXP分析软件拷回来后,自己用标尺(Single Linner Region)划出了各期的范围,系统就自己算出了各期所占的比例分布。结果见附件!
& && & 我现在就想知道毕业论文或者发文章的话就用这个由仪器自带的CXP分析软件得出的结果行不行呢?还是要用Modfit 或者Flow Jo等专业分析软件分析才会被认可呢?要用Flow Jo分析的话导入LMD文件后就是一个Histogram Plot,我尝试着用Cell Cycle拟合,可是每次要自己拉G1与G2的分界线,拉到对应峰的中间之后拟合后的结果又很奇怪,很困惑,很迷茫!望大侠指点啊!再次谢过!
17:50 上传
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签到天数: 1 天[LV.1]初来乍到
xiajing_acm
我没用过Beckman FC500,因此我无法确切回答你yes or no。不过既然是仪器带的分析软件,那你的论文以及将来要发表文章应该可以接受,只不过你要注明所使用仪器和分析软件。因我没有使用过CXP软件去分析数据,我的几个问题是你根据什么来划分G1,S,G2/M?那你如何证明你划分的细胞周期是可以接受的呢?是不是软件软件在划分是有一定的标准呢?因此我个人认为,如果你确信划分G1,S,G2/M是合理的以及可以接受的话,那你的分析就没有问题。此外,我读了一下Beckman FC500的使用手册,分析细胞周期是这样評估的:“Data 收取後,我們通常會檢視G0G1 Phase 的變異係數(CV 值),用以評估細胞的固定、染色過程是否完善。一般來說,我們會要求G0G1Phase 的CV 值必須小於8,代表細胞的固定過程良好,並具有均一的染色結果。CV 值大於8 的數據,必須捨棄不用”。 因此,如果你分析时的CV 小於8,分析结果就应该可以接受。 另外,Beckman FC500可以输出FCS 3.0文件格式,而这种文件格式是通用,包括可被FLOWJO打开。正如我以前所写的,FLOWJO主要是分析“活细胞”,因此分析时要GATE活细胞。我不知道当你用FLOWJO打开LMD文件时,Histogram Plot是否显示subG1峰。如果yes你自然无法分析你的数据。如果你有FCS 3.0文件格式输出的数据,如果不是太多的话,我倒可以帮你分析(我们实验室有正版的FLOWJO),来比较一下彼此的差别究竟有多大。
该用户从未签到
& &谢谢啦!你说的FCS3.0文件包括LMD文件吗?LMD文件压缩见附件,可能的话帮我分析下,然后结果发给我下?劳驾了!
09:31 上传
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美开发细菌制造生物燃料技术实时荧光定量PCR出现很多乱峰,求大神们帮电泳单引物跑出来为什么是这个样子电泳单引晒动图——活体细胞4D成像新手段,细胞筛选你还在搬砖吗
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wx_非凡人_lDsv9大叔级摄影爱好者,喜欢分享murongxiaoxiao积极有责任心,热心公益事业绝对零度红米达人,爱拍照的北京女孩
逛了这许久,何不进去瞧瞧?在FlowJo10中调整流式图的坐标轴
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|个人分类:|系统分类:|关键词:FlowJo, 流式,数据分析,流式图,坐标轴,调整
在FlowJo10中调整流式图的坐标轴作者:蔡何青,FlowJo技术专员我们分析流式数据的目标之一是为了得到高质量的流式图。有时候一些数据的细胞压轴,我们需要对流式图的坐标轴进行调整,才能将所有细胞都呈现出来。在FlowJo10中可以灵活地调整流式图的坐标轴,这些调整包括:1. 更换坐标轴的类型:Linear(线性), Logarithmic(对数), Logicle(双指数) (FlowJo中称为Biex)2. 调整坐标轴的范围3. 调整Biex坐标轴的有关参数:Extra Neg. Decades与Width Basis对于调整流式图的坐标轴,我们经常遇到的一个疑问是:会不会是人为地更改了数据导致了数据呈现的更好?答案是否定的。更改流式图的坐标轴其实质是用不同刻度的坐标轴来显示数据,对原始数据的各项数值都没有做任何改动。& &首先,我们来看这三种类型的坐标轴:Linear:坐标轴的刻度是按照50K、100K、150K来标注的,是线性递增的;相当于下图中的linear方程(绿色直线)Logarithmic:坐标轴的刻度是按照100、101、102来标注的,是指数递增的;相当于下图中的exponential方程(黑色曲线);坐标轴的刻度数值>0,不能显示0及0以下的数据Logicle (Biex):能显示0及0以下的数据;是按照下图中的Logicle方程来标注刻度的,见下图中的红色曲线,在低位段(此图例中大约为Y轴的-25至+25位段)是以接近于linear方程(绿色直线)的形式来标注刻度,在高位段(此图例中大约为Y轴<-25位段和>25位段)是以接近于exponential方程(黑色曲线)的形式来标注刻度&(图片引自:David R. Parks. 2006. A New "Logicle" Display Method Avoids Deceptive Effects of Logarithmic Scaling for Low Signals and Compensated Data. Cytometry Part A)那么,什么时候用哪种坐标轴呢?Linear:散射光参数,如FSC和SSCLogarithmic:荧光参数,Logicle (Biex):荧光参数,多色实验的荧光参数一般都要使用Logicle轴,因为荧光补偿之后会产生负值FlowJo 10中的自定义参数轴窗口点击图形窗口界面的“T”按钮,选择“自定义参数轴”,打开自定义参数轴窗口,如下图所示:&①更换坐标轴的类型:Linear,Logarithmic,Biex②手动输入坐标轴的范围,包括最大值和最小值③通过增加和减少按钮调整坐标轴的范围④当使用Biex坐标轴时,调整Extra Neg. Decades值的大小,⑤当使用Biex坐标轴时,调整Width Basis值的大小(关于Extra Neg. Decades与Width Basis的详细解释,请参考博文中的内容)应用实例——多色流式数据分析时调整某个荧光参数的坐标轴数据来源:Accuri C6采集的数据步骤:①导入数据,设门分析后得到了CD4 vs. CD8的点图,如下图所示。对于补偿过的荧光参数,FlowJo 10会默认以Biex坐标轴来显示,而且软件自动对其Extra Neg. Decades与Width Basis值进行了调整②在下图中,我们能发现最右边的一群细胞有压轴的现象,而且软件也给出了提示:有一小部分细胞压在了X轴上,因此需要对Y轴坐标轴的范围进行调整&③点击Y轴的T按钮,打开“自定义参数轴”窗口,将Extra Neg. Decades由默认的0调为1,再增加一段负的刻度段来将0以下的所有数据完全显示出来。操作如下图所示&④点击“应用”按钮,得到结果如下图所示:原来压轴的数据完全显示出来了&
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