前言：我们都知道很多人在进行GEO數据库挖掘的时候首先遇到的第一个痛点就是探针ID转换成gene symbol的问题，gene symbol因为被大家熟悉所以得到广泛采用针对此问题，我进行了一个总结貼

一般ID转换分为以下几个办法：

• 使用GEO数据库提供的GPL文件
• 金标准当然是去基因芯片的厂商的官网直接去下载啦
• （以上办法都不能解决的时候）

# 以下网址存在一些特点

根据芯片名字搜索得到注释文件。

idmap2解决了GPL平台的soft文件下载困难，把全部表达芯片的soft文件下载好后提前它们的芯片和基因symbol对应关系并存储好。不哃的gpl平台的soft信息不一样一般来说，大家关心的其实就是探针的ID以及基因的symbol列。

idmap3解决了那些并不提供探针的注释信息的平台，大量的GPL平台的soft文件并不提供基因注释信息是下载全部的GPL的soft文件里面的探针碱基序列比对后重新注釋的包。
能拿到的信息就探针序列所以是idmap1和idmap2都是无法注释的，这个时候就需要我们的idmap3啦！

整合了前面三个包的内容，根据type参数分为bioc对应bioconductor的注释包soft对应GEO的soft格式的芯片注释文件，pipe对应重新注释的文件

针对只有探针序列的GPL平台芯片，进行重注释

4.1 得到探针文件的fasta序列格式文件

## part1：得到探针序列的fa格式文件
# 这个包需要注意两个配置一般来说自动化的配置是足够的。

4.2 比对得到bam文件并提取比對好的坐标

4.3 根据参考基因组的gtf文件提取已知注释坐标

4.4 提取交集得到探针注释信息